Funny Balloons raconte l'histoire d'un enfant qui s'aventure dans les bois et est kidnappé par des forces maléfiques qui l'emprisonnent dans un monde mystique. Pour s'échapper et rentrer chez lui, il doit jouer à un jeu étrange où il doit guider des ballons dans différentes sections. Chaque section a une couleur et un niveau de points particulier. Si le ballon est dirigé dans la section de la même couleur, les points sont ajoutés au score total, sinon ils sont soustraits. L'objectif du jeu est d'obtenir une valeur de score total égale au score cible. Le jeu est perdu si le joueur obtient un score supérieur au score cible ou sature une section. Un mini-jeu inter-niveaux permet au joueur de jouer à une machine à sous où il peut gagner (ou perdre) des points ou des compétences utilisées dans le jeu principal. Le jeu propose 12 niveaux de difficulté croissante.