Fat Ninja est un jeu de ninja où la discrétion est essentielle. En utilisant vos compétences de ninja, essayez de ne pas vous faire repérer par les gardes de sécurité tandis que vous progressez dans le bâtiment. Faites preuve de discernement pour savoir si vous devez vous cacher ou utiliser l'une de vos attaques pour éliminer les gardes. Vous pouvez vous cacher derrière des objets ou sauter et vous suspendre au plafond. Vous pouvez attaquer avec votre épée ou en utilisant votre arme secrète : vos PETS. Chaque fois que vous êtes repéré, la jauge d'alarme monte, et si elle atteint la fin, c'est la fin de la partie.