Situé dans le Japon ancien, Shadow of the Ninja est un jeu de plateforme-réflexion à défilement horizontal, doté de graphismes et d'animations riches. Les joueurs incarneront Akane, une apprentie ninja, qui utilise des pouvoirs de furtivité non létaux comme le camouflage et la téléportation pour récupérer son village paisible des mains d'un clan de samouraïs maléfiques.